透明玻璃胶应存放于阴凉、干燥处，30℃以下。质量好的酸性玻璃胶可确保有效保存期12个月以上，一般酸性玻璃胶可保存6个月以上；中性耐候及结构胶可保证9个月以上的保质期。如果瓶已打开，请在短期内使用完；玻璃胶如未用完，胶瓶必须密封，再次使用时，应旋下瓶嘴，去除所有堵塞物或更换瓶嘴。

玻璃胶最常出现的问题是变黑发霉，即使是使用防水玻璃胶、防霉玻璃胶也不能完全避免此类问题的发生。因此长期有水或浸水的地方不宜施工。对玻璃胶有所了解的人应都会知道玻璃胶是一种有机物质，易溶于油脂、二甲苯、丙酮等有机溶剂物质，因此玻璃胶不能与含有此类物质的基材上施工。